Muradi Rabi Ulu Cami’sinin Selçuklu Sultanlarından biri olan III. Alaaddin Keykubat döneminde, onun azatlı kölelerinden Hayrettin aracılığıyla yaptırılmış olduğu düşüncesi hakim durumdadır. Cami, bugün görülmekte olan halini geçirmiş olduğu çok büyük onarımlar sonrasında almasıyla öne çıkmaktadır. II. Beyazıt dönemlerinde 1446 tarihi içerisinde meydana gelmiş olan büyük deprem esnasında tamamen harap olmuş, Mimar Sinan aracılığıyla da onarımı yapılmıştır. Bu söz konusu onarım Mimar Sinan’ın Teskiret-i Enbiye adına sahip kitabı içerisinde de geçmekte olup, kitap üzerinde ‘Çorum’da Alaaddin Camii’ni müceddeden tamir ile inşaa etmiş olduğu’ da yazılı durumdadır.
III. Murat dönemlerinde söz konus ubu cami ‘Sultan Muradi Salis Cami’ adıyla anılmaya başlamış durumdadır. IV. Murat, Erivan Seferine gittiği esnada Çorum – Boğacık köyü içerisinde konaklama yapmış, cami söz konusu bu dönemde yeniden tamir ettirilip etrafına medreselerin yanı sıra akarat inşa edilmiştir. Cami bu dönemlerde ise Sultan Muradi Rabi CamiSultan Muradi Salis Cami şeklinde isimlendirilip Evkaf Dairesi kayıt ile sicillerine bu isimle geçmesiyle bilinmektedir. 1790 senesinde meydana gelen deprem esnasında yeniden harap olan söz konusu cami, Çapanoğlu oğlu Abdülfettah Bey aracılığıyla 1810 senesinde ahşap olarak, tek kubbeli bir şekilde tamir edilmiş, bugün görmüş olduğumuz görünümünü almıştır.
