Kıyıköy Aya Nikola Manastırı, Kıyıköy adlı kasabanın Papuçdere yolunun tam üstünde güney yamaç üzerinde, kasabaya tam tamına 700 metrelik bir mesafede yer almaktadır. Bizans Dönemi içerisinde inşa edilmiş olan kaya manastırlarının en iyi örnekleri arasında kendisine yer edinmiş durumdadır. Zemin kat içerisinde kilise, daha aşağı kısımda ayazma, üst bölüme çıkıldığında da keşişlere mahsus bölümler olduğu açık bir şekilde görülmektedir.
Kayalara oyulup meydana getirilmiş durumda bulunan kademeler halinde hücreler mevcut durumdadır. Kuzey kısımda yer alan merdivenle ayazmaya inilebilmektedir. Kilisenin tam olarak doğu kısmında ise ikinci bir giriş daha yer almaktadır. 19’uncu yüzyıl dönemlerinde Rumlar aracılığıyla kaya galerilerinin önü ahşap durumda bulunan bir girişle tamamlanmış, fakat söz konusu bu bölüm daha sonrasında da ortadan kaldırılmış olmasıyla bilinmektedir.