Şu zamana dek çok harika yapısından dolayı ayakta kalabilmekte olan medresenin yapılmasına Artuklu Dönemi içerisinde başlanmış ve ayrıca Akkoyunlu Hükümdarlarından biri olan Cihangiroğlu Kasım Padişah dönemi içerisinde 1457 ila 1502 senelerine bitirilmiştir. İki kattan oluşan, kubbeye sahip, tek ve e açık avlulu medresenin inşası esnasına düzgün kesme taş kullanıldığı görülmektedir. Planla alakalı özellikleri, taş işçiliğinin yanı sıra süsleme motifleri açısından çok fazla ilgi çekmekte olan yapı, caminin yanı sıra türbe ile beraber külliye içinde bulunmaktadır. Medresenin avlu kısmında bir tane çeşme ile birlike çok büyük bir havuz yer almaktadır. Güney kısmında ovaya açık durumda bulunan bir cepheye sahip olarak öne çıkan medrese, Mardin ilinde yer alan yapıların en büyüklerinden olmasıyla da öne çıkıyor. Açık medrese tipine sahip, tek bir tane avlunun etrafında düzenlenmiş, iki kattan oluşan tek ayrıca eyvanlıdır. Kesme taşla beraber tuğlalardan yapılmış olmasıyla öne çıkıyor.
Güney cephesi üzerinden, bir taç kapının bağlamakta olduğu beşik tonozlu bir tane koridordan geçilip girilmiş olur. Batı kısmında öteki kısımlarla girişi aynı durumda bulunan, tamamen bağımsız bir mescit mekânı yer almaktadır. Doğu kısmında ise iki kat boyunca yükselmekte olan camisi bulunur.
